Рассмотрен вопрос о налогообложении доходов физического лица при обмене квартир. Доходы, получаемые по договору мены, учитываются при определении налоговой базы по НДФЛ. На основании ГК РФ каждая сторона в договоре мены считается продавцом товара, который она обязуется передать, и покупателем товара, который она обязуется принять в обмен. Доход, полученный при обмене квартиры, определяется исходя из ее стоимости, указанной в договоре мены. Если квартира по договору мены передается с доплатой, то доход определяется исходя из стоимости квартиры без учета доплаты. При этом налогоплательщик имеет право на налоговый вычет в сумме, не превышающей 1 млн. руб. и равной стоимости обмениваемой квартиры, находившейся в собственности менее 3 лет. Если квартира была в собственности 3 года и более, налоговый вычет предоставляется в размере ее стоимости. Вместо использования права на указанный налоговый вычет налогоплательщик вправе уменьшить сумму своих доходов, облагаемых НДФЛ, на сумму расходов, связанных с получением этих доходов. Кроме того, налогоплательщик также имеет право на имущественный налоговый вычет при приобретении жилого дома, квартиры, комнаты или доли (долей) в них.
 
http://www.garant.ru/prime/12064323.htm?prime
 
Письмо Департамента налоговой и таможенно-тарифной политики Минфина РФ от 26 декабря 2008 г. N 03-04-05-01/479 О налогообложении НДФЛ доходов, полученных при совершении обмена недвижимого имущества