Письмо Департамента налоговой и таможенно-тарифной политики Минфина РФ от 16 августа 2010 г. N 03-04-05/2-461 Об исчислении и уплате НДФЛ с дохода, полученного при продаже доли (ее части) в уставном капитале организации
 
От НДФЛ освобождаются доходы налоговых резидентов России, получаемые при продаже имущества, находившегося в собственности 3 года и более.
Доля в уставном капитале организации - это имущественное право.
Поэтому при продаже такой доли данное правило не применяется. Вместе с тем в указанном случае облагаемые НДФЛ доходы можно уменьшить на сумму фактических расходов, связанных с их получением. Затраты должны быть подтверждены документально.
 
http://www.garant.ru/products/ipo/prime/doc/12078016/?prime