Письмо Департамента налоговой и таможенно-тарифной политики Минфина РФ от 19 августа 2010 г. N 03-11-06/2/131 О ведении раздельного учета доходов и расходов при совмещении режимов налогообложения ЕНВД и УСН
 
Если наряду с деятельностью, облагаемой ЕНВД, плательщик занимается какой-либо иной, то он исчисляет и уплачивает налоги и сборы в отношении нее в соответствии с другими режимами.
Если плательщиком осуществляется только 1 вид предпринимательской деятельности, подлежащий переводу на ЕНВД, то иные режимы налогообложения не применяются. Если плательщик применяет ЕНВД и УСН, то он обязан вести раздельный учет доходов и расходов по разным налоговым режимам. Если разделить расходы невозможно, то их распределяют пропорционально долям доходов, полученных при применении спецрежимов.
Организации, перешедшие на УСН, ведут учет только основных средств и нематериальных активов. Организации, переведенные на уплату ЕНВД, не освобождены от ведения бухучета.
Поэтому при совмещении различных режимов налогообложения организациями, являющимися плательщиками ЕНВД, рекомендовано определять доходы по видам деятельности, переведенным на уплату указанного налога.
В ряде случаев обязанность вести бухучет прямо указана в специальных законодательных актах.
Так, в случае публичного размещения облигаций и иных эмиссионных ценных бумаг общество обязано ежегодно публиковать годовые отчеты и бухбалансы.
Таким образом, организация, применяющая по разным видам деятельности 2 специальных режима, один из которых не освобождается от ведения бухучета, должна вести учет, составлять и представлять в налоговый орган бухотчетность в целом по всей организации.
 
 
http://www.garant.ru/products/ipo/prime/doc/12078135/?prime